新学期开始,美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生,过着普通女孩的校园生活。而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。此时,在光之园,在激战后受了伤的女王分裂成数个部分,消失在远处。与此同时,渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。突然,梅普鲁和米普鲁苏醒过来,两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”,不仅衣服改变了样子,而且力量居然也提升了!?为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样,渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦,将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗?