公元2010年,全球规模的“超大飓风(Hyper Hurrican)”使世界各国遭受了巨大的损失,已经膨胀到80亿的人口一下子减少到了50亿,经济和军事的均衡崩溃了。
北美、俄罗斯、北欧被冰封,平原地区沉入大海,世界地图突变,来到了混沌时期。日本政府在各地建立经济特区,获得了一定的复兴。预先开发的“Powered Assist”技术为复兴作出了巨大贡献。但是,特区以外的地区,贫困不断加剧,贫民区不断扩大。统治阶级自称为“圣子(Logos)”,将powered assist技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas”,排斥他们。
时光流逝,公元2035年。
脱离了为监视“Levinas”,镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影(Phantom)”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽仁,与神秘的少女登户沙那巧遇。围绕着沙那,各种人的思虑纷繁缠绕,故事向前发展。他们3个人前进的方向上,究竟有什么!?